一般的な呼称はカビです。見た目の形から糸状菌とか菌糸ともいわれます。形は酵母型と菌糸型の2形性を取るものが多く、酵母型の大きさは５ミクロンくらいです。細菌も真菌も「菌」がつくので同じ仲間だと思われがちですが、細胞の構造が全く異なります。細菌は染色体ＤＮＡが細胞の中に裸で存在していて、原核生物の仲間です。

一方、真菌は、染色体が膜に包まれた核の中に存在していて、動稙物と同じ真核生物の仲間です。真菌は、核の他にミトコンドリアや小胞体などたくさんの小器官をもっていて、細菌と比べて高等な生物なのです。真菌は細菌とは全く異なり、細胞構造が人間に近い生物です。

バイオフィルム内の細菌や真菌のかたまりのことです。口腔内の細菌叢は、人それぞれ指紋のように異なります。同一個人でも、体調や食事内容などにより、時間とともに常に変化しています。細菌叢の中には運動性細菌もいることから、現在では微生物叢（マイクロバイオータ）という表現に変わってきています。

微生物がある成分にどれくらい影響を受けるかを指します。例えば、抗生物質も全ての細菌に効くわけではなく、特定の菌に対してのみ抗菌性を示します。似たような言葉に抗菌スペクトラムがあり、これは特定の微生物に対する感受性を示すものです。つまり、微生物がどれだけある成分や薬物に反応するかは、その微生物の種類や特性に依存すると言えます。

顕微鏡での歯垢や唾液の観察で、動いている細菌のことです。

真菌や細菌は、同一環集団環境下でお互いに影響を与え合っています。彼らが争っている場合、これは拮抗作用と呼ばれ、拮抗関係にあると言います。一方で、微生物同士が協力して勢力を広げようとしている場合は、これを協同作用と呼び、協同関係にあると言います。

細菌には「嫌気性（けんきせい）」と「好気性（こうきせい）」という分け方があります。 嫌気性菌は酸素を嫌う菌、好気性菌は酸素を好む菌です。口腔内でいわゆる悪玉菌は、嫌気性菌の割合が多いです。

口腔内にカビが多いと嫌気的な歯垢になりやすく、その中での細菌は嫌気性菌が繁殖しやすい環境になります。

in vitro（イン・ビトロ）とは、試験管内という意味で、試験管や培養器等の中で薬物の反応を検出する試験のことを指します。in vivo（イン・ビボ）とは、生体内という意味で、人体や実験動物を用い、生体内に直接被験物質を投与し、生体内や細胞内での薬物の反応を検出する試験のことを指します。